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早期对于球囊菌门的研究多半著重在其型态及土壤中、菌根内外孢子堆的构造「球囊菌门」的概念最早是在原囊霉属（Acaulospora）及Gigaspora两个属被提出，并和接合菌门Endogonaceae下的Glomus属共同被提升为科，合为球囊霉目（属于接合菌门）。1998年Cavalier与Smith提出「球囊菌纲（Glomomycetes）」的概念，并将球囊霉目归入其中（仍属接合菌门）。后来经Schüßler对该目下部分物种小亚基rRNA（SSUrRNA）的分析发现球囊菌目可自组一个门，便将其由接合菌门移出，新成立「球囊菌门」，又因发现有能产生类似球囊霉目孢子的种类应该属于另一个更分歧的种系，而新增了类球囊霉目（Paraglomerales）、原囊霉目（Archaeosporales）与多孢囊霉目（Diversisporales）三个目，与念珠藻（Nostoc punctiforme）形成丛枝菌根的Geosiphon pyriformis即属于原囊霉目。

现在的分类即是透过分子生物学的分析，不断修正才定出的。对于本门物种的分类研究尚未完成，有待继续研究，例如有些研究认为Glomus属下的许多物种应被分到其他科或属比较合适。

有研究分析各种真菌rDNA的序列，发现球囊菌门在演化上是双核亚界的姊妹群。

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斯克列罗龙属（属名：Scleromochlus）是鸟颈类主龙的一属，生存于三叠纪晚期的苏格兰。斯克列罗龙是善于行走的小型动物，身长约为18.1公分，后肢相当长，被推测能以二足方式、四足方式行走。

正模标本（编号BMNH R3556）是一个部分骨骼，缺少部分头颅骨、尾巴。化石发现于苏格兰的洛西茅斯砂岩层（Lossiemouth Sandstone），地质年代相当于三叠纪晚期的卡尼阶。目前只有一个种，模式种泰勒斯克列罗龙（S. taylori）。

斯克列罗龙的演化位置仍有争议，有些研究认为牠们是最原始的鸟颈类主龙，其他研究则认为牠们是翼龙目的姊妹分类单元。

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除了海洋，在陆地上也有一些水下洞穴水色幽蓝，也被称为蓝洞。它们的入口，有的是地面上完整的圆形水潭，有的则是悬崖下的深潭

与海洋蓝洞不同的是，许多陆地蓝洞的水质差别很多，同一个洞中，表层水和深层水的含盐量、含氧量等指标都会有巨大差别。陆地蓝洞的成因大多与地下河有关，但具体形成过程至今未有定论。其中一些原本是地下河，后来由于顶部岩层塌陷，露出了原本在地下的河水。

陆地蓝洞在巴哈马群岛上分布范围广泛，数量有上千个，大小不一，内部洞穴的情况更为复杂。因此使得陆地蓝洞探险成为世界上最危险的运动之一。

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