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MALBAC扩增后进行全基因组测序，通过使用预扩增的准线性步骤减少了与指数PCR扩增相关的偏差。MALBAC利用5个循环的预扩增和包含27个核苷酸的共有序列、8个核苷酸的可变序列的引物来产生扩增的DNA片段（扩增子），这些片段会自我成环，防止额外的复制和交叉杂交。MALBAC期间，这些环不能用作扩增的模板，因此减少了与PCR中对DNA片段不均匀指数扩增产生的相关扩增偏差。MALBAC被描述为比其他单次测序方法（例如多重置换扩增，简称MDA）具有更好的扩增均匀性。MDA以指数方式扩增DNA，导致了偏差。因此，其他单细胞测序方法相关的扩增偏差导致了基因组的低覆盖率。与其他单细胞测序方法相比，与MALBAC相关的偏差减少，使基因组序列覆盖率上升。
当只有一个或几个细胞可用时，MALBAC 可用于扩增DNA并随后对其进行测序，例如用于分析血液中筛选出的肿瘤细胞、产前筛查或法医样本。启动该过程只需要少量起始模板（pg级的DNA），因此它是对单个人体细胞进行测序的理想方法。
单细胞测序通常具有很高的假阴性突变率。假阴性突变率是指未检测到真正突变的概率，这可能是由于等位基因丢失或脱落导致的扩增偏倚造成的。与其他单细胞测序技术相比，MALBAC的序列覆盖均匀性增强了SNP的检测并降低了等位基因丢失率。 当杂合子的等位基因无法扩增，导致检测出“假纯合子”时，等位基因丢失率会增加。这可能是由于DNA模板浓度低，或者模板扩增不均匀导致杂合子的一个等位基因被复制更多。与等位基因丢失率大约为65%的MDA相比，MALBAC要低得多（大约 1%）。与批量测序相比，MDA有41%的SNP检测效率，而MALBAC有76%的SNP检测效率。 据报道，MALBAC的假阳性率也很低。 MALBAC产生的假阳性突变主要是由 DNA聚合酶在第一个扩增循环中引入的错误造成的，并在随后的循环中进一步复制。通过对源自单个细胞的谱系中的2-3个细胞进行测序以验证SNP的存在，以及通过对来自单独谱系的无关细胞进行测序来消除测序和扩增错误，可以消除假阳性。
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