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* 延伸 – Bst DNA聚合酶（大片段）在65°C下延伸引物2分钟。在这一步，以半扩增子为模板的扩增为全扩增子，以基因组DNA为模板扩增为半扩增子。

* 熔化 – 将反应加热至94°C以将扩增子与模板分离。

* 循环 – 对于完整的扩增子，3'末端序列现在与5'末端互补。在58°C时，两端杂交形成环状DNA。这可以防止完整的扩增子在随后的MALBAC循环中用作模板。

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