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自噬膜泡进一步扩张并包绕底物，最终形成自噬体。Atg12-Atg5复合物系统和LC3-Ⅱ-磷脂酰乙醇胺复合物系统均是泛素化系统，参与着自噬体的形成。目前已知Nucleoporin 62蛋白会诱导镶嵌有LC3的自噬体到溶酶体，将其吞噬并清除，与底物结合的p62也能被蛋白水解酶降解，而细胞内的微管骨架其实也会将自噬体运输到溶酶体，水解酶在二者融合降解自噬体内容物，Rab7及UVRAG等因子参与此过程。目前已知Rab7与膜泡表面的脂分子尾部作用进行定位，而UVRAG则活化Rab7，将囊泡运送到靶位点。
自噬过程通常涉及两种泛素样偶联反应，以维持吞噬体的扩展。第1种反应发生在LC3 (酵母Atg8在哺乳动物中的同源物)，LC3对溶酶体的形成是必需的。Atg4切割LC3获得弥散胞质状态的LC3-Ⅰ，LC3-Ⅰ其后与磷脂酰乙醇胺偶联，以形成膜结合状态的LC3-Ⅱ，LC3-Ⅱ其后定位于自噬体膜。Atg5-Atg12-Atg16L1复合物与前自噬体膜相关联，通过协助招募LC3延长它们的伸长。随著吞噬细胞扩大并接近闭合，Atg5-Atg12-Atg16L1复合物从外膜解离，而LC3-Ⅱ仍然与完成的自噬体结合。除此之外，mAtg9是核心Atg蛋白中唯一确定的多次跨膜蛋白，吞噬细胞的延伸也由mAtg9辅助。第2种反应则是在ATG12与Atg5共轭后，Atg16L1与偶联物Atg12-Atg5结合，形成一个对吞噬细胞成熟至关重要的Atg5-Atg12-Atg16L1复合物。
* ATG8酯化在自噬发生过程中的作用仍未解释清楚，可以对促进自噬体膜的延伸和闭合起著关键作用。ATG8的酯化过程依赖于两个类泛素化系统的帮助。所有生物中的ATG5-ATG12共价结合复合物对于细胞内ATG8的酯化均是必须的。
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