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1952年，黄鸣龙再次回国，任军事医学科学院化学系主任。1955年，选聘为中国科学院院士，并于次年转到中国科学院上海有机化学研究所工作。1958年，研究出了利用国产薯蓣皂甙元为原料，七步合成可的松，获国家创造发明奖。之后，黄鸣龙的研究方向主要放在甾体化合物上，并合成出多种甾体激素类药物及口服避孕药。

黄鸣龙和合作者共发表中外文论文80篇，专著及综述近40本（篇）。

1938年，黄鸣龙与Inhoffen研究用胆固醇改造合成雌性激素时，发现胆甾双烯酮用醋酸酐及微量浓硫酸处理，发生双烯酮－酚的移位反应。在此研究工作的基础上，于1940年即从事山道年一类物的立体化学的研究。黄鸣龙在研究这类化合物的相对构型时，发现四个变质山道年在酸碱作用下，其相对构型可成圈地互相转变，以及证明变质山道年因三个旋光中心互相邻近所产生的“邻位影响”。无取代反应而能使三个不对称中心成圈地转变，这在立体化学上，是个前所未有的发现。各国学者根据黄鸣龙所解决的山道年及其一类物的相对构型，相继推定了它们的绝对构型。日本学者还报道了山道年、β－山道年以及若干异构体的全合成。

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近来诺华（Novartis）基因组学研究所构建了一个包括20704个全长人体cDNA克隆阵列文库，所有的基因均以「pCMVsport6」作为表达载体，可在哺乳类细胞内表达。

应用该文库，他们首先进行了一个基因组范围的筛选以鉴定新的调节活化蛋白-1(AP-1)信号通道的基因产物。在该实验中cDNA阵列文库被分别置于384孔板中，并与含AP-1反应片段的报告基因共同通过转染导入受检细胞。转染后，将细胞在摄氏37度继续培养48小时，然后加入细胞溶解试剂和化学发光试剂，并以化学发光仪测量光学信号。其信号强弱与AP-1信号通道化的活化程度成正比。本实验除检测到多个已知的AP-1信号通道调节因子外，还发现了40多个候选的调节基因，其中一些被进一步证实。随后，他们通过非常类似的实验方法对该文库进行了另一次高通量筛选以寻找调节p53肿瘤抑制子信号通道活性的产物。在该实验中，他们首先建立了一株能稳定表达「p53-反应区段」（responsive element）控制的报告基因的肿病细胞株（HCT116），然后在384孔板中对该细胞株进行cDNA文库转染，并以报告基因来检测p53活化强度。

该实验共发现了39个新的可调节p53活性的基因，其中7个对p53活性有正向调节作用、2个为负性调节子。

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