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1950年，位于贝塞斯达 (马里兰州)的国立卫生研究院其中的国家心脏研究所，聘请安芬森作为细胞生理学实验室的首席。1954年，洛克菲勒基金会提供奖学金请安芬森回去嘉士伯实验室一年。古根海姆基金会提供奖学金让安芬森在1958至1959年到以色列雷霍沃特的魏茨曼科学研究学院进行研究。另外在1958年，他被美国文理科学院选为院士。1962年，安芬森回到哈佛医学院担任客座教授，并应邀成为化学系系主任，之后他又被任命为关节炎和代谢病生物化学研究所(现为关节炎、糖尿病、消化和肾脏疾病研究所)的实验室主任直到1981年。从1982年直到1995年安芬森过世为止，他都在约翰·霍普金斯大学担任生物物理化学教授。
安芬森发表了超过200篇的原创文章，其中大部分为蛋白质的结构与功能之间的关联性，同时他也是核酸压缩这一区域的先驱。1961年，他发表核糖核酸酶可以在变性后重新进行折叠，同时保留酵素的活性，因此他认为所有造成最终构象所需的蛋白质信息都被编码于其胺基酸序列上。他加入了美国国家科学院、丹麦皇家科学院、美国哲学会。
成立于1996年，克里斯蒂安·B·安芬森奖每年会颁给杰出的化学家，该奖项承认蛋白质科学各领域的杰出成就，同时也表扬领导、教育或服务领域的杰出贡献，这奖项由蛋白质学会主办。
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