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1989年研究者将在美国发现的一些产毒能力强的黄曲霉小核菌株称为S型菌株，而将产大核的正常菌株称为L型菌株。其中S型菌株又分为2种类型，只产生黄曲霉毒素B和圆弧偶氮酸, 不产生黄曲霉毒素G应属于黄曲霉种；另一种能产生黄曲霉毒素B、圆弧偶氮酸、黄曲霉毒素G和parasiticolides的则认为可能是一个隐存种。之后进一步的研究将能产生黄曲霉毒素B、圆弧偶氮酸、黄曲霉毒素G的小核菌株定为一个新种微核曲霉(A. minisclerotigenes)。
1993年在泰国发现的一些黄曲霉菌种被认为是黄曲霉小核变种(A.flavus var. parvisclerotigenus Mich. Saito and Tsuruta)，2005年在尼日利亚也发现了该类菌种，研究认为黄曲霉小核变种应该是独立种，并命名为小核曲霉(A. parvisclerotigenus (Mich. Saito and Tsuruta) Frisvad and Samson)，但因为选定的模式菌株不是泰国的模式菌株，该名称被否认。2019年的研究则认为黄曲霉小核变种只不过是黄曲霉菌一些产小核的特殊菌株而已，而来自尼日利亚的菌株是一个新种，黄毒曲霉(A. aflatoxiformans Frisvad, Ezekiel, Samson & Houbraken)。
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