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最古老的银杏类化石是在法国南部早二叠世发现的毛状叶(Trichopitys)化石(也有认为晚石炭世的两歧叶属 Dichophyllum 是最早的银杏类化石)。楔裂银杏属(Sphenobaiera)于晚二叠世时出现。二叠纪-三叠纪灭绝事件使银杏类植物濒临灭绝。晚三叠世时,银杏类植物快速发展,之后的侏罗纪和早白垩世达到了鼎盛时期,广泛分布于世界各大洲,但在赤道地区和南极洲没有发现纪录。当被子植物于早白垩世晚期迅速崛起时,银杏类像其它裸子植物一样也急剧衰落。晚白垩世后除个别发现外,银杏科以外的银杏类植物已基本绝迹。晚白垩世和古近纪,银杏(主要为银杏属Ginkgo 和似银杏属Ginkgoites)在欧亚大陆和北美高纬度地区呈环北极分布,渐新世时由于寒冷气候不断向南迁徙,并在此之后不断衰落。中新世末在北美消失,上新世晚期在欧洲消失。而东亚是银杏类植物的最后栖息地。中国的银杏大化石纪录始于始新世;日本直至上新世,甚至更新世早期都有银杏叶化石发现,但未发现繁殖器官。
在中国浙江西天目山发现有野生状态的银杏(Ginkgo biloba),另外在安徽大别山、湖北神农架和大洪山及广东南雄也有发现。
中国和日本很早就开始人工种植银杏(Ginkgo biloba)。1690年,荷兰东印度公司的 Englebert Kaempfer 博士首次描述了在日本栽培的银杏,并建立了银杏属(Ginkgo)。1771年,林奈正式描述了银杏,并以biloba作为种加词,以表示银杏叶片二裂的特点。十九世纪后半叶,由于银杏的种子与榧属(Torreya)和粗榧属(Cephalotaxus)的种子相似,银杏被放入松柏类的紫杉科(Taxaceae)。1896年,日本东京大学的植物学家平濑作五郎(平瀬作五郎)发现了银杏具有多鞭毛的游动小孢子,而与松柏类的无鞭毛小孢子明显不同,显示出银杏在进化上的特殊的地位。此后,银杏长期被归于裸子植物。但随着大量化石的发现和分子生物学的发展,人们发现裸子植物并不是一个单系群,一般把各类裸子植物都被提升到门的分类阶元。由此,银杏类植物也被提升为银杏门。
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