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二十多年来，由于其具有生产虾红素的能力，酵母菌生产虾红素的方法被广泛研究。其中红发夫酵母菌(Phaffia rhodozyma)有最高的产率，因此有非常多的文献报导了从红发夫酵母萃取虾红素的技术，从其产量也从早年的800 ug/g，到最新的产率为1.5 mg/g 。目前，酵母以细粉形式作为虾红素，蛋白质和其他营养素的天然来源销售，并用作鲑鱼饲料的成分。除了红发夫酵母菌外，亦有其他的酵母菌，如酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)及乳酒念珠菌(Kluyveromyces marxianus)，虽然两者在自然界中生产的虾红素不多，但却适合进行基因修饰，大量生产虾红素。
有许多的报导绿藻纲(Chlorophyceae)的藻类可生产虾红素，其中雨生红球藻(Haematococcus pluvialis)为产率最高的种类之一。雨生红球藻是一种在胁迫条件下能够大量积累虾红素的绿藻。正常环境下的雨生红球藻为绿色具鞭毛的状态，当环境恶劣时，由此状态转换为红色且无鞭毛的包囊转换。
其他天然来源的虾红素，包含了鲑鱼、甲壳类生物如虾、螃蟹或龙虾可食部分产生的。其中所含的类胡萝卜素色素已被彻底研究和量化。福寿螺的卵也含有虾红素。
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