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大肠杆菌的一个株是具有某些能和其它株区分开的特征的族群。不同的大肠杆菌菌株生活在不同动物中，因此我们可以通过其判断粪便来源于人或者鸟类等。通过突变，新的大肠杆菌菌株不断出现，其中一些可能对宿主动物造成损害。尽管对于大多数健康成年人，这样的菌株可能只引起一场腹泻，或者根本没有症状，但对于幼儿、大病初愈的人或者进行某些药物治疗的人来说，陌生的菌株可能引起严重疾病甚至死亡。大肠杆菌O157:H7就是一个毒性很强的菌株。
大肠杆菌是现代生物学中研究最多的一种细菌，作为一种模式生物，其基因组序列已全部测出。用分子生物学方法在大肠杆菌得出的结论可用于其它生物的研究。此外，在生物工程中，大肠杆菌被广泛用于基因复制和表现的宿主。
* GB 4789.3-2016 食品安全国家标准 食品微生物学检验 大肠菌群计数
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